?全基因組羥甲基化APOBEC偶聯(lián)測序(ACE-seq)

——低成本羥甲基化5hmC單堿基分辨率方案！

羥甲基化5hmC是被認為是哺乳動物基因組上的第六堿基，在發(fā)育、衰老、神經(jīng)退行性疾病、復雜疾病及腫瘤發(fā)生過程中起重要作用。盡管OX-BS能夠區(qū)分5hmC和5mC進行羥甲基化的研究，但兩個文庫的制備測序成本依然過高。艾斯基因針對5hmC研究隆重推出新一代羥甲基化檢測產(chǎn)品?APOBEC-coupled epigenetic sequencing（ACE-seq）！使用AID/APOBEC家族DNA脫氨酶APOBEC3A（A3A）進行脫氨，能夠特異地脫去C及5mC的氨基使其變?yōu)閁，在全基因組單堿基水平對5hmC進行高靈敏度的檢測。

技術優(yōu)勢

重點技術產(chǎn)品，用心服務每一個項目

專注表觀組學10年，提供專業(yè)有價值的DNA甲基化完整解決方案；

較早開發(fā)羥甲基化測序技術的團隊，國內(nèi)較早推出多種組合的解決方案；

嚴格的ACE-seq文庫構建質控，轉化率>99%；

已完成多種腫瘤及哺乳動物羥甲基化測序及ACE-seq測序分析；

助力客戶在Genome biology, Epigenetics等雜志發(fā)表多篇論文。

樣本類型和要求

數(shù)據(jù)信息分析

案例分析1：小鼠胚胎干細胞的羥甲基化研究

Dynamics of DNA hydroxymethylation and methylation during mouse embryonic and germline development. Nat Genet 55, 130–143 (2023)

研究背景：在哺乳動物中，DNA 5-羥甲基胞嘧啶(5hmC)參與了胚胎早期發(fā)育過程中的甲基化重編程。然而，5hmC在多大程度上參與全基因組甲基化重編程仍然是未知的。

研究材料：小鼠胚胎細胞(C57BL/6J)

研究方法：ACE-seq、轉錄組測序(RNA-Seq)

研究結果：

1、親代等位基因特異性描述了小鼠早期胚胎和生殖細胞中的5hmC景觀

2、與受精卵的新生甲基化或維持性甲基化相比，DNA羥甲基化與DNA去甲基化的相關性更強；

3、小鼠受精卵中Dnmt1/Uhrf1的異常核定位導致DNA復制偶聯(lián)被動去甲基化缺陷和5hmC沉積受損；

研究結論：

表征了小鼠早期胚胎和生殖細胞中的5hmC景觀，揭示了全基因組5-甲基胞嘧啶(5mC)維持與tee介導的氧化之間的差異。 

圖1 小鼠早期胚胎和生殖系細胞DNA羥甲基組研究的實驗設計

圖2 E6.5胚泡至E13.5 PGCs外胚層細胞中5hmC的動態(tài)變化